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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展示出大量的生物技术亲水性，比如抗肉瘤和抗虫毒功效。一般性，三萜是确认甲羟戊酸路径炼制的，并从天然蕨类植物蕨类植物和真菌孢子中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文章了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习文献。该学习得知三萜类化学物质虫草酸（GA）是经由液状体培养计划的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物技术还原成生产的。可以通过转录组和血清酶质组学能力进一部探讨无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT生产四种野生灵芝粉酸（GA）的规则，并按照多个学能力查重到的差别DNA和差别血清酶，得出DHT 海洋生物技术聚合 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能模块划分

能够对无柄虫草念珠菌菌丝体去转录组测序共能够67230个转录本和1429八个单表观遗传。在这部分单表观遗传中，49俩个被监定为对比表明爱表观遗传（DEGs），进来213个表明爱上浮，279个表明爱调低（图1A）。GO生态学聚集了解后，DEGs主要包括生态学期间（BP）、内部材料（CC）和氧分子特点（MF）3类。在BP专业品类中，造成了前八个子专业品类：抗菌药分解掉消化吸收期间，冰醋酸盐消化吸收期间和甲酸盐消化吸收期间;而在CC专业品类中，内部外区、突触包覆体、突触结构类型是前八个亚类。对於MF专业品类，甲酸脱氢酶（NAD）活力、氧化反应恢复原酶活力和酸氨（或酰胺）拼接酶活力是前八个亚专业品类（图1B）。在DEGs的KEGG数据径路了解中，前30条生态学聚集度极限的数据径路有27条是属于消化吸收，进来甲烷气体消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收数据数据径路为显著生态学聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和技能几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经过对无柄虫草真菌孢子菌丝体做核脂肪酸组学了解一下，共计认定了16,457种多样肽、2606种核脂肪酸和2588种降钙素原检测核脂肪酸。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的建立前提下，走过2606种核脂肪酸中，94种被鉴定费为差别表示核核球血清酶（DEPs），另外52种上浮，42种变动（图2A），图2C表明了差别表示核核球血清酶的聚类了解法了解一下热图。从GO了解一下你看，BP等级分类表明，大部分数DEPs参加乙酸盐组织分泌的的过程中、抗菌素吸附组织分泌的的过程中和类药物吸附组织分泌的的过程中。CC类DEPs在组织外区、过钝化物酶体和微体中的比率为高，钝化还原系统酶催化特异性和甲酸脱氢酶（NAD）催化特异性在MF类中DEPs的比率高（图2B）。与转录组没想到类似的，KEGG环路了解一下表明，诸多DEPs在组织分泌中聚集，另外3条最聚集的手段是光合生态学体中的碳固定不变、碳组织分泌和MAPK数据报告信息环路（图2D）。然而，经过了解一下GO数据报告库的CC对DEPs做亚组织精确定位了解一下和注音（图2E），DEPs重要地域分布在组织质（40.66%）、组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs生态学体获得的重要选址。

图2|蛋白酶质组的化学发光法具体分析和模块验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转成和比组侯选DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个异同体现出来人类DNA（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组共分的DEGs/DEPs对其进行聚类研究定性分析研究定性分析，发现mRNA和淀粉酶质区间内有1五个上涨人类DNA和五个上涨人类DNA，DEGs二者当地翻译的DEPs体现出来层次呈正一些，通过Pearson的一些比率研究定性分析，在转录组和淀粉酶质组区间内查重到相对的较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则报告单展示，E组和C组14个DEGs的体现方法质量区别重要，表中9个为上涨DEGs，5个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现方法大趋势与转录混合物析报告单统一。

图3|蛋清质组的参考值介绍和技能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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